San Ignacio wurde 1610 als Jesuitenmission zur Evangelisation der Guaraní in der Gegend von Guayrá gegründet und 1696 an seinen heutigen Standort verlegt. Das ganze 18. Jh. hindurch besaß der Ort etwa 3 000 Einwohner. Seit der Wiederentdeckung im Jahr 1878 hat er dank eines groß angelegten Restaurierungsprojekts einen Teil seines Glanzes wiedererlangt. Das Besucherzentrum bietet eine ausgezeichnete Einstimmung auf die Besichtigung.